《Z/X IGNITION》的背景故事发生在近未来的日本，来自五个未来世界的侵略者Z/X出现在现实世界，10名主人公怀抱各人各自的理由，手持卡片装置投身于战斗当中。

那是一场很大的火灾。在火灾中，卫宫士郎失去了一切。因为得到了魔术师、卫宫切嗣的救助而存活下来。然后成了他的养子。 那之后过了10年，卫宫士郎为了和已经过世的养父的那个约定，“成为正义的伙伴”而终日进行魔术的锻炼。 某天，士郎…

前序：上古时代，在上津未源这片土地上从来都是妖魔和人的征战地，于是一位远古的君王遍执行了一个召唤女神的仪式，但是仪式除了召唤出来三位女神，还使族中的勇士勇彦受到了魔剑（就是后来所谓的“石剑”）的控制杀死所有在仪式上的人和…